当发现巴西木底部发黑时，及时将巴西木取出。在取出巴西木之前，要对植株断水，不用继续浇水，这样能够保证植株更好地脱盆，避免植株根系受损。在重新上盆前，要对修剪工具和土壤进行消毒，可以用稀释的高锰酸钾溶液来消毒。
将巴西木取出后，先用水清洗植株根系，用剪刀把发黑的根系直接剪掉，在伤口处涂上多菌灵，放置在半阴通风地方晾干，再进行重新上盆。上盆完成后，浇一次水，浇水要浇透，再盖上塑料膜，保证土壤湿润。
水培巴西木的时候，会因为水质浑浊导致根部变黑。这是主要因为浑浊的水质容易滋生细菌，细菌会感染巴西木的根系，导致底部变黑。一般不要用水培的方式来种植巴西木，水质的控制比较麻烦，浑浊的时候不太容易处理。